Rutilio Manetti nasce a Siena nel 1571, fu tra i primi artisti a risentire delle novità di Federico Barocci e del tardo manierismo romano, in particolare per quanto riguarda lo studio degli affetti e la resa aggraziata degli sfumati. Dal 1615 si avvicinò al naturalismo caravaggesco, con cui forse era entrato in contatto durante un viaggio a Roma, realizzando, oltre a soggetti religiosi, tele con temi tipici dei caravaggeschi, come banchetti e concerti.
Le sue primissime opere sono quelle eseguite intorno al 1597 presso la Sala del Concistoro in Palazzo Pubblico: qui, all’ombra dei suoi due verosimili maestri, i noti pittori Francesco Vanni e Ventura Salimbeni, il ventiseienne Manetti realizzò alcune lunette.
Il pittore senese si distinse fin da subito per le sue qualità artistiche come testimonia l’impegnativo ciclo di affreschi dell’Oratorio di San Rocco, nella Contrada della Lupa a Siena, con cui Rutilio acquistò una posizione di primissimo livello nel contesto senese.
Intorno al 1615 lo stile del Manetti cominciò a mutare in senso caravaggesco, tanto che per questa parte così cospicua del corpus del pittore si può legittimamente parlare di una seconda maniera, piuttosto nettamente distinta dalla precedente. Una conferma viena da opere come l’Estasi della Maddalena della Galleria Palatina di Firenze (1618 circa) o la più tarda Estasi di San Gerolamo della Collezione Monte dei Paschi, tra i capolavori dell’artista (1628). Fu questo il suo momento di grazia, in cui realizzò durante il terzo decennio del XVII secolo, il Riposo durante la fuga in Egitto, conservato presso la chiesa di San Pietro alle Scale a Siena, il dipinto forse più noto del Manetti.
Durante gli anni della maturità egli guardò con attenzione più che le opere del Caravaggio, quelle dei suoi seguaci a Roma: Gerrit Van Honthorst, Valentin de Boulogne e Nicolas Tournier tra gli stranieri, Orazio e Artemisia Gentileschi, Bartolomeo Manfredi e Cecco del Caravaggio e Antiveduto Grammatica tra gli italiani. Non sono neanche escluse influenze dal Guercino e della pittura emiliana (Guido Reni e Giovanni Lanfranco)
Tra le sue opere sono da segnalare anche una Assunzione della Vergine (1632), nella Abbazia di San Mercuriale a Forlì, e Dante e Virgilio varcano le porte dell'Inferno, dipinto conservato nella Pinacoteca Nazionale di Siena
Rutilio Manetti morì a Siena il 22 luglio del 1639 e fu sepolto nel Duomo. Suo allievo fu il figlio Domenico, che proseguì sulla scia del padre.