Giacomo Bertucci nacque a Faenza nel 1502, ultimo dei figli maschi di Giovan Battista Bertucci il Vecchio. Apprese i primi rudimenti dell'arte dal padre e dallo zio Girolamo e fece forse un primo soggiorno a Roma intorno al 1520, certo è che nel 1534 pagava la sua quota all'allora Universitas picturae ac miniaturae, poi Accademia di San Luca.

La prima attività faentina, fra il 1534 e il 1539, è legata a rapporti amichevoli e di lavoro coi fratelli Dossi. Inoltre è anche noto che nell'estate del 1537 Jacopone Bertucci lavorava nella Delizia estense di Belriguardo con Battista Dossi, Gerolamo da Carpi ed altri. Probabilmente appartiene a questa fase dossesca la tavola firmata col San Girolamo della collezione Fischmann di Monaco di Baviera.
Tra il 1540 e il 1543 fu impegnato col concittadino Giulio Tonducci nella decorazione della cupola di San Vitale a Ravenna. In seguito, dal 1545 al 1551, Jacopone è assente da Faenza, forse occupato a Roma, dove si trovava nel 1546. In questo periodo è egli è maestro di Taddeo Zuccari, come ci viene riportatp da Vasari.

Ritornato a Faenza, ormai orientato decisamente verso la Maniera romana, dipinge tra il 1552 e il 1553 la Deposizione già in San Rocco, ora nella Pinacoteca Comunale.

Si occupò anche di lavori plastici ed architettonici. Ad esempio nella chiesa degli Agostiniani di Faenza si occupò delle parti in stucco del Monumento al medico Paolo Antonio Milcetti (1554-55, opera perduta); nel 1556 elaborò un progetto per la Torre civica dell'Orologio e realizzò una pianta della città di Faenza.

La migliore opera nota del Bertucci è giudicata da Ennio Golfieri la grande tavola, firmata e datata 1565, con l'Incoronazione della Vergine e Santi e il committente, che Fra' Giovan Battista Paravicini di Brisighella gli aveva commissionato nel 1562 per la sua chiesa dei Celestini in Faenza. Oggi l'opera si conserva nella Pinacoteca Comunale.

Nel 1567 Jacopone e il nipote Giovan Battista Bertucci detto il Giovane, suo aiuto e collaboratore, vennero accusati di eresia e condannati dal Santo Uffizio. Avendo abiurato, furono poi scarcerati e poterono riprendere la loro attività. Il Bertucci firmò infatti con la data 1572 la tavola con la Madonna e il Bambino e i Santi Antonio e Francesco d'Assisi, già nella Santa Annunziata e ora in Sant' Antonino del Borgo Durbecco di Faenza. Nel giugno 1573 si impegnò a dipingere una tavola col Martirio di Santa Lucia per la cappella Gucci nel Duomo di Faenza: firmata e datata 1574 fa oggi parte della donazione Piancastelli dei Musei Civici di Forlì.

Nel 1575 ricevette la commissione di eseguire, in collaborazione col nipote Giovan Battista e con Giulio Tonducci, i pannelli dipinti del soffitto ligneo della chiesa dei camaldolesi di San Giovanni Battista di Faenza. I vari riquadri erano stati distaccati al tempo della demolizione della chiesa, e sono poi andati quasi completamente distrutti con l'incendio della Biblioteca nella Seconda Guerra Mondiale. Nonostante ciò, documenti ricordano la commissione a Jacopo Bertucci di altre due opere nel 1575 e nel 1576: la prima, per Antonio Dalla Cura, doveva rappresentare la Madonna col Bambino e i Santi Giovanni Battista, Girolamo e Francesco, oltre al ritratto del committente; la seconda, per Baldo dei Molesi, doveva raffigurare San Girolamo fra i Santi Giovanni pontefice e Caterina e il ritratto del committente.

Nel giudizio di Ennio Golfieri, Jacopone Bertucci passa da un iniziale michelangiolismo di stampo ferrarese-romano sul fare di Battista Dossi all'alternarsi di apparati manieristici vasariani, tardo raffaelleschi e tardo michelangioleschi, pur conservando un suo fare formalmente abbastanza corretto anche se non sempre felice nei toni un poco dolciastri.