Giovanni Battista Bertucci il Giovane era figlio di Raffaele, anche lui pittore, e nipote di Giovanni Battista Bertucci il Vecchio. Nulla si sa della sua formazione, che tradizionalmente si riferisce più allo zio Jacopone che non al padre. Negli anni tra il 1560 e il 1564 è impegnato a Roma nel cantiere delle Logge Vaticane: ciò lo mise a diretto contatto con gli esiti del tardo Manierismo.  Rientrato a Faenza attorno al 1565 gli viene riconosciuta una prima opera, il Ritratto di Ercole Rondinini, firmato ma la cui data risulta illeggibile.
Nel 1567 insieme a Jacopone venne accusato di eresia, si salvarono entrambi pronunciando solenne abiura. Nel 1575 è documentata la sua partecipazione alla decorazione del soffitto della chiesa di San Giovanni Battista, condotta dallo zio Jacopone e da Giulio Tonducci. Segue un quarantennio di attività intensa ma ripetitiva, che lo vide impegnato nell’esecuzione di innumerevoli quadri per le chiese cittadine, del contado e delle vicine città romagnole.
Le sue composizioni improntate sui modelli delle opere della Controriforma, presentano uno svolgimento quasi bidimensionale ed appaiono estremamente affollate. Le sue opere costantemente firmate e datate non pongono problemi di attribuzioni.