Nicolò Paganelli nasce a Faenza nel 1538. La sua evoluzione artistica sembra essere parallela a quella del contemporaneo collega faentino Marco Marchetti. Nel 1560 si trova a Firenze, insieme allo stesso Marchetti, con il quale affianca Vasari nel restauro di Palazzo Vecchio. Successivamente si recò a Roma, dove dal 1572 al 1580, lavorò nel chiostro di Trinità de' Monti.
La decorazione del distrutto chiostro dell'Osservanza a Faenza, datata 1585, rappresenta il suo primo lavoro, sua prima opera è datata 1585, condotto assieme al collega Marco Marchetti. Altre sue opere si trovano all'interno della Cattedrale, e nella chiesa di Santa Maria Vecchia.
Il suo stile pittorico esalta molto il colore e dimostra sempre una forte vena narrativa basata su un'ammirevole coerenza con l'educazione manieristica.
Muore a Faenza nell’inverno del 1620.